澳门博物馆的其中一个功能是研究。通过现有的文献、实证和历史文物来进行有关澳门历史、民生、行业等的专题研究，澳门博物馆过去的一些研究项目成果已用于专题、长期展示和出版物。

• 海上丝路与地理大發现交汇的澳门海上航线 (陈迎宪／ 2017.02) 
• 爱德华‧希尔布兰特的彩色石版画《中国‧妈港》 (陈迎宪／ 2018.09)
• 郑观应《盛世危言后篇》版本初探 (陈丽莲 黄灿树／ 2018.04)
• 南海1号・南海丝绸之路・澳门 (陈迎宪／ 2018.02.02)
• 走进近代历史长廊 - 澳门博物馆 (陈迎宪／ 2014.12.18)
• 寻找中国──从梦幻到真实 (李丽娇／2014.10.28)
• 国际博物馆日谈博物馆 (陈迎宪／2014.5.18)
• 澳门的国际贸易和中国风 (徐新／2013.10)
• 中欧文化对话谈罗明坚 (陈迎宪／2012.12.28)
• 简述南海海上瓷路 (陈迎宪／2012.10.2)

文物修復是保存珍贵和特有的文化财产之手段，也是博物馆的一项基本功能，分为 “保存” 和 “修復” 两个方面。保存是以控制环境、科学处理等方法维护文物的状态，使其得以长时间保存下来；修復则是在必要的情况下，以最适当的方法和物料，在某程度上恢復文物的历史面貌。澳门博物馆的文物修復分为陶瓷、中国书画、西方纸品、纺织品、金属、木器、古籍等类别。