澳門博物館的其中一個功能是研究。通過現有的文獻、實證和歷史文物來進行有關澳門歷史、民生、行業等的專題研究，澳門博物館過去的一些研究項目成果已用於專題、長期展示和出版物。

• 海上絲路與地理大發現交彙的澳門海上航線(陳迎憲／ 2017.02) 
• 愛德華‧希爾布蘭特的彩色石版畫《中國‧媽港》 (陳迎憲／ 2018.09)
• 鄭觀應《盛世危言後篇》版本初探(陳麗蓮黃燦樹／ 2018.04)
• 南海1號・南海絲綢之路・澳門(陳迎憲／ 2018.02.02)
• 走進近代歷史長廊- 澳門博物館(陳迎憲／ 2014.12.18)
• 尋找中國──從夢幻到真實(李麗嬌／2014.10.28)
• 國際博物館日談博物館 (陳迎憲／2014.5.18)
• 澳門的國際貿易和中國風 (徐新／2013.10)
• 中歐文化對話談羅明堅(陳迎憲／2012.12 .28)
• 簡述南海海上瓷路(陳迎憲／2012.10.2)

文物修復是保存珍貴和特有的文化財產之手段，也是博物館的一項基本功能，分為 “保存” 和 “修復” 兩個方面。保存是以控制環境、科學處理等方法維護文物的狀態，使其得以長時間保存下來；修復則是在必要的情況下，以最適當的方法和物料，在某程度上恢復文物的歷史面貌。澳門博物館的文物修復分為陶瓷、中國書畫、西方紙品、紡織品、金屬、木器、古籍等類別。