圣保禄教堂遗址，原是圣保禄学院的附属教堂，1835年被大火烧毁後，仅剩下教堂的正面前壁、大部分地基及教堂前的石阶。遗址曾被多次破坏，但教堂基址则保存完好。

在1990年至1996年间，考古人员对圣保禄教堂遗址进行发掘，发现多个祭坛和墓葬遗迹，探明教堂基址的结构，澳门政府对圣保禄教堂遗址进行考古、修复及再利用工程，由葡萄牙建筑师负责策划和设计，多位考古学家、历史学家和博物馆学家参加工作，经过五年考古、勘察及建造，於1996年建成天主教艺术博物馆。