聖保祿教堂遺址，原是聖保祿學院的附屬教堂，1835年被大火燒毁後，僅剩下教堂的正面前壁、大部分地基及教堂前的石階。遺址曾被多次破壞，但教堂基址則保存完好。

在1990年至1996年間，考古人員對聖保祿教堂遺址進行發掘，發現多個祭壇和墓葬遺跡，探明教堂基址的結構，澳門政府對聖保祿教堂遺址進行考古、修復及再利用工程，由葡萄牙建築師負責策劃和設計，多位考古學家、歷史學家和博物館學家參加工作，經過五年考古、勘察及建造，於1996年建成天主教藝術博物館。